بي شك از همان آغاز برپا كردن تخت جمشيد، يكي از دغدغه‌هاي مهم معماران، حفاظت مجموعه در مقابل عوامل طبيعي و به ويژه بارش باران بوده است. ناودان‌هاي آجري و قير اندود، تنبوشه‌اي، پرشي، كانال‌هاي روباز و چاه سنگي از جمله تدابيري هستند كه مجموعه را از گزند سيلاب‌ها محفوظ مي‌كردند.

به نظر مي‌رسد كه انتخاب كوه مهر يا رحمت براي ساخت بناي تخت جمشيد، به دليل تقدس آن بوده است. از جمله نشانه‌هاي تقدس مي‌توان به تدفين‌هاي بسيار متنوع از ادوار گوناگون در دامنه اين كوه اشاره كرد كه به شكل گورهاي مخروطي لاشه سنگي، گورهاي حفر شده در سنگ‌هاي مكعبي و يا حفره‌هاي محل نگهداري استخوان خود نمايي مي‌كنند.

امروز هيچ اثري از سقف چوبي كاخ‌هاي تخت جمشيد بر جاي نمانده است اما خوشبختانه باستان شناسان و پژوهشگران به درستي دريافتند كه نقش حجاري شده بر سينه آرامگاه‌هاي پادشاهان هخامنشي، در واقع همان نقش كاخ داريوش است و بدين ترتيب موفق شدند بر اساس آن، سقف بخشي از كاخ ملكه را كه امروز به موزه تخت جمشيد تبديل شده بازسازي كنند

بر اساس متون تاريخي و كتيبه‌هاي موجود، در پيرامون تخت جمشيد شهري به نام پارسهوجود داشته كه هزاران نفر در آن زندگي مي‌كردند. امروز نشانه‌هاي كمي ‌از شهر پارسه بر سطح دشت باقي مانده است ولي كاوش گران به دنبال آن هستند تا اين شهر را از زير خاك‌هاي كشاورزي بيرون آورند.

اي برهم نهادن پايه ستون، قلمه ستون، گل ستون، سر ستون و يا جرزهاي درگاه‌ها هيچ نوع ملاتي به كار نمي‌بردند و تنها با روش خاصي دو سطح تحتاني و فوقاني سنگ را پاك تراش مي‌كردند. اين روش باعث مي‌شد تا ستون و درگاه‌ها در مقابل نيروي زلزله پايدار بمانند.

به نظر مي‌رسد بزرگي و يا كوچكي سنگ براي سنگ تراشان ماهر هخامنشي تفاوتي نداشته است. آنان عطردان و گلدان‌هايي تراشيده اند كه قطر دهانه آنها بسيار كمتر از قطر داخلي بدنه است و گوياي آن است كه مي‌توانستند سنگ را به صورت دوراني به گردش درآورده و با ابزار‌هاي خاص داخل آنرا تراش دهند.

از ديگر شگفتي‌هاي بناي تخت جمشيد مي‌توان به معادن سنگ آن اشاره كرد. مهندسان و معدنكاران مي‌توانستند با ابزارهاي ساده خود سنگ‌هايي حتي به وزن 250 تن را از معدن استخراج و سالم به پائين كوه منتقل و پس از ايجاد طرح اوليه آن را به تخت جمشيد انتقال دهند.

در تخت جمشيد بيش از سه هزار نقش برجسته و تنديس وجود دارد كه بي شك بسياري از آنها الهام گرفته از هنر ميان رودان و آشور است اما بر خلاف آنها حتي يك مورد يافت نمي‌شود كه به صحنه جنگ، صف اسيران، از بين بردن دشمنان و يا قدرت نمايي پادشاه پرداخته شده باشد بلكه همواره به اتحاد و دوستي اقوام اشاره دارند.

.آپادانا داراي دو جفت پلكان دو طرفه در سمت شمال و شرق است كه طول هر يك از ديواره‌هاي آن 81 متر است. روي اين ديواره‌هاي سنگي، صفي از سربازان، بزرگان كشوري و 23 قوم هديه آور از ايران بزرگ را حك كرده اند. در مركز اين پلكان‌ها نقشي از پادشاه قرار داشته كه در يك دست عصايي به نشانه پادشاهي دارد و در دست ديگر گل نيلوفري را به نشانه صلح و دوستي و دانش تقديم هديه آوران مي‌كند.